Contexte

SIDR (Standards-based Infrastructure with Distributed Resources) est une plateforme de données en développement à l’INstitut de l’Information Scientifique et Technique (INIST) qui a pour mission d’offrir un accès organisé à des ressources mutualisées (données et méta-données) en biologie intégrative/systémique. La spécificité de SIDR porte sur la fourniture de ressources « technologie-centrée » dont la qualité est spécifiée en
accord avec les standards internationaux.

Dans sa phase de démarrage, SIDR collecte directement les données et les métadonnées auprès d’une sélection de laboratoires de biologie. Toutefois les plateformes technologiques mises en place autour des équipements lourds et qui produisent des données pour le compte de laboratoires et d’entreprises, ont vocation à être des partenaires privilégiés de SIDR.
Les modalités de mise en oeuvre opérationnelle du partenariat entre SIDR et les plateformes technologiques sont à définir tant du point de vue des méthodes et outils de collecte, transfert, gestion et interrogation des données et métadonnées que de la mise en place de démarches qualité orienté client de ces procédures en vue d’une certification ISO 9001 version 2008 des plateformes tests localisées à Evry.

Missions et responsabilités

Intégré au sein d’une équipe interdisciplinaire (biologistes, spécialistes de spectrométrie de masse et de RMN, informaticiens, bioinformaticiens, annotateurs), le candidat aura pour tâche de développer les services applicatifs visant à assurer:
- le moissonnage et l’intégration des métadonnées et données expérimentales de spectrométrie de masse et de RMN
- la pérennisation des liens entre résultats expérimentaux, la base de connaissance SIDR et les bases bibliographiques,
- le stockage et l’archivage,
- la formation de requêtes complexes,
- la gestion de la sécurité (identification, authentification, confidentialité) pour les utilisateurs des
plateformes
- le prototypage des IHM (cinématique, ergonomie).

Expérience attendue

- Conception et évaluation d’Interfaces Homme Machine (WEB)
- Test et recette de systèmes informatiques
- Sûreté, Intégrité et Sécurité des Données
- Intégration de Sources de Données Hétérogènes
- Ontologies

Compétences appréciées

- conception Objet (UML, java)
- Moteurs de recherche : Lucerne, Heritrix, Nutch, Exalead,…
- Architectures distribuées
- Connaissances générales en biologie et instrumentation (si possible en RMN et spectrométrie de masse)

Durée du contrat : 1 an

Date de prise de fonctions: Immédiate

Lieu de travail

- Evry (principal)
- Vandoeuvre-les-Nancy (réunions mensuelles et/ou séjours de courte durée)

Contacts

- CNRS-INIST, Nancy :
magali.roux@inist.fr
gabrielle.poucreau@inist.fr
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